신종 인플루엔자 A는 A형 인플루엔자 바이러스가 변이를 일으켜 생긴 새로운 바이러스로, 2009년 전 세계적으로 사람에게 감염을 일으키고 있는 호흡기 질환이다. A형 인플루엔자 바이러스는 2009년 3월 말 미국 캘리포니아 주 샌디에고에서 발열, 기침 및 구토로 내원한 10세 소아의 비인두 흡입 검체에서 처음으로 검출되었다.

사람 H1과 H3 아형에는 음성을 보이나 돼지에서 기원한 새로운 H1N1 바이러스가 검출되면서 신종 인플루엔자가 처음으로 밝혀졌다. 인플루엔자 바이러스는 바이러스의 표면 항원인 적혈구응집소(hemagglutinin, HA)와 뉴라민분해효소 (neuraminidase, NA)에 의해 아형이 결정된다. H는 바이러스가 체세포에 부착하는 데 중요한 역할을 하는데 15가지 아형이 있으며, N은 감염된 세포로부터 증식된 바이러스가 빠져나와 새로운 체세포를 감염시킬 수 있도록 기존의 감염된 세포와 바이러스 입자 간의 결합을 끊어주는 역할을 하며 9가지 아형으로 분류된다. A형 인플루엔자 바이러스는 다양한 아형 변화를 보이기 때문에 H, N의 종류에 따라 H1N1, H3N2 등으로 표기한다. 인플루엔자 바이러스는 항원 변이라는 독특한 특징을 가지고 있는데, 크고 작은 항원 변이는 거의 매년 일어나며 이러한 항원 변이를 통하여 계속적으로 인플루엔자의 유행이 초래된다. 항원 변이에는 항원 대변이와 항원 소변이 두 가지가 있으며, 인플루엔자 바이러스 표면의 HA와 NA의 변이와 관련된다. 특히 HA이 중요한데, 이는 HA에 대한 항체가 있는지의 여부가 감염에 방어 역할을 할 수 있는지를 결정하기 때문이다. 항원 대변이는 A형 인플루엔자에서만 가능하며, 기존 유행주인 인플루엔자 바이러스의 유전자 중 HA 또는 NA가 전혀 새로운 아형으로 바뀌는 것이다.

신형 바이러스가 발생하는 기전에 대해서는 다음과 같은 설명이 가능하다. 즉, 인플루엔자 바이러스는 몇 개의 유전자 조합으로 이루어져 있기 때문에 사람과 동물 인플루엔자 바이러스가 한 개체 내에 이중 감염을 유발하고, 그 과정 중에 유전자 재조합이 일어나 기존의 것과 전혀 다른 신형 바이러스가 생기는 것으로 이해하고 있다. 사람과 동물에서 분리되는 인플루엔자 바이러스의 HA는 종 특성을 가지고 있기 때문에 조류 인플루엔자 바이러스는 직접 사람으로 전파되지 못하고 사람과 조류 인플루엔자 바이러스에 대하여 모두 감수성이 있는 돼지라는 ”혼합 용기” 내에서 조류 인플루엔자의 HA를 획득한 새로운 사람 인플루엔자 바이러스로 재조합되어야만 사람에 대한 병독성을 갖게 되는 것이다. 이렇게 만들어진 신형 바이러스는 면역력이 없는 사람들에서 인플루엔자의 대유행을 일으키게 되고 이러한 대유행은 수많은 사망자를 발생시키게 된다. 과거에도 돼지에서 기원한 인플루엔자 바이러스에 의한 사람 간의 감염증은 보고된 바가 있었으나 소규모의 감염만 일으켰다. 그러나 2009년에 새로이 발생한 신종 인플루엔자는 2009년 7월까지 멕시코, 미국, 캐나다 및 유럽, 아시아 지역에서 산발적으로 감염자가 확인되었으며, 13만 명 이상의 감염자 및 800명 이상의 사망자가 100개 이상의 국가에서 확인되었다.